Faits:

La Cour considère en droit:

1.1 D'emblée, il sied à la Cour de se déterminer sur l'allégué commun aux parties estimant que le dispositif de l'arrêt du TF du 9 avril 2008 est imprécis quant au chiffre du dispositif de l'arrêt de première instance annulé et que c'est donc l'arrêt dans son entier qui doit être annulé.

1.2 Il n'appartient pas à l'instance inférieure d'interpréter un arrêt de l'autorité supérieure. Dans la mesure où les parties estimaient le dispositif de l'arrêt du TF peu clair, incomplet ou équivoque, il leur appartenait d'en demander l'interprétation ou la rectification directement au TF, en application de l'art. 129 LTF . Pour sa part, la Cour estime que tant le dispositif que les considérants de l'arrêt du TF du 9 avril 2008 sont clairs et suffisamment délimités pour lui permettre de statuer derechef dans la présente cause.

1.3 Formellement, l'arrêt du TF du 9 avril 2008 annule partiellement la décision du TPF du 12 juin 2007. Matériellement, il résulte de cet arrêt que la décision de première instance est confirmée en ce qui concerne l'une des deux infractions reprochées à l'accusé, soit l'infraction de violation de secrets d'affaires (art. 162 CP) réalisée par la transmission du fichier C. (consid. 5.2 in fine). Quant à la seconde infraction du genre ayant trait à la transmission du fichier D., l'acquittement s'impose, le TF ayant établi que le contenu du fichier D. était inclus dans celui du fichier C. (consid. 3.2.2). En conséquence, la peine infligée par le TPF le 12 juin 2007 doit être réexaminée sous cet angle (consid. 7), ainsi que, cas échéant, sous celui de l'art. 48 ch. e CP (consid. 6). Quant aux frais de procédure par CHF 7'500.-- mis à la charge de l'accusé en première instance, ils seront également adaptés en conséquence (consid. 3.2.2 in fine et consid. 7).

2. A teneur de l'art. 47 al. 1 CP , le juge fixe la peine d'après la culpabilité de l'auteur, en tenant compte de ses antécédents et de sa situation personnelle, ainsi que de l'effet de la peine sur son avenir. La culpabilité est déterminée par la gravité de la lésion ou de la mise en danger du bien juridique protégé, par le caractère répréhensible de l'acte, par les motivations et les buts de l'auteur (art. 47 al. 2 CP ).

Il ressort de l'arrêt du 12 juin 2007 que B. est définitivement reconnu coupable de violation du secret d'affaires en application de l'art. 162 CP pour avoir transmis à E. à l'attention de F. les données du fichier C., qui constituent des secrets d'affaires et qu'il était tenu de garder en vertu de son obligation contractuelle d'employé de l'entreprise A.

Pour cela, il est passible d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.

Concernant la gravité de la faute, l'arrêt du TPF du 12 juin 2007 retient, à propos des trois accusés alors jugés dans la cause: «A leur décharge, le constat doit être fait que les intérêts de la partie civile n'ont pas été concrètement lésés et que les informations illicitement transmises n'étaient pas particulièrement essentielles ou sensibles. A leur charge, il faut relever en revanche que les accusés ont manifesté un réel mépris pour leurs obligations de discrétion en faveur de leur employeur ou de leur ancien employeur. Alors même qu'ils étaient conscients de ne pas agir correctement, ils n'ont pas hésité à trahir leurs devoirs, à plusieurs reprises de surcroît».

Exceptée la mention «à plusieurs reprises de surcroît», rien ne commande de revenir sur cette appréciation à l'égard de B.

Le premier juge retenait également que cet accusé «ignorait certes que les informations qu'il transmettait étaient destinées à un concurrent, mais, au contraire des deux autres condamnés, il était encore au service de l'entreprise A. et, sans sa participation, lesdites informations n'auraient pas pu être illicitement diffusées» .

Tout bien considéré , le Tribunal arrive à la conclusion que, l'appréciation du premier juge doit être maintenue. En effet, quelle qu'ait été la destination des informations contenues dans le dossier, l'important est que l'accusé les a transmises au mépris de son obligation professionnelle de confidentialité.

S'agissant des autres critères de fixation de la peine précités, le premier jugement retenait entre autres que B. n'avait jamais été condamné.

Au vu de l'extrait de son casier judiciaire actualisé au 24 novembre 2008 tel est toujours le cas.

Quant à la situation personnelle de B., l'autorité de première instance a estimé qu'elle« ne justifiait en rien son comportement ». L'accusé avait en effet un emploi bien rémunéré au sein de l'entreprise A. et aucun problème apparent avec son employeur. Vouloir rendre service à un ancien collègue peut être louable, quand ce n'est pas en portant préjudice sans raison à son employeur.

Dans son mémoire complémentaire du 8 septembre 2008, l'accusé invoque une atteinte à sa réputation professionnelle jusqu'ici sans tache, sans toutefois étayer plus avant son propos.

Telle appréciation ne saurait ainsi être retenue au titre d'une dépréciation de la situation personnelle. Il n'allègue par ailleurs aucunement avoir eu quelque difficulté à retrouver un emploi après son licenciement de l'entreprise A. en novembre 2002.

3. L'art. 49 CP précise que lorsque l'auteur a commis plusieurs infractions pour lesquelles il encourt plusieurs peines de même genre, le juge le condamne à la peine de l'infraction la plus grave et l'augmente dans une juste proportion, mais pas au-delà de la moitié en sus du maximum prévu pour cette infraction. Il est en outre lié par le maximum légal de chaque genre de peine.

En l'espèce, le concours réel d'infractions retenu dans l'arrêt du TPF du 12 juin 2007 tombe, suite à l'acquittement de l'accusé pour l'une des deux infractions. La peine doit dès lors être revue sur ce point, en tant que la part correspondant à l'augmentation proportionnée alors prononcée doit être supprimée.

4. A propos de la circonstance atténuante de l'art. 48 let. e CP, force est de constater que les deux conditions cumulatives y fixées, soit celles du temps écoulé depuis la commission de l'infraction et du bon comportement de l'auteur dans l'intervalle, sont toutes deux réalisées en l'espèce, ainsi que le TF a eu l'occasion de le préciser dans son arrêt de 9 avril 2008 (consid. 6). Il appartient donc à la Cour de tenir compte de ce critère d'atténuation de peine.

5. Au vu des considérants qui précèdent, la peine pécuniaire de 60 jours-amende prononcée le 12 juin 2007 doit être réduite à hauteur de 40 jours-amende. Elle sanctionne ainsi équitablement l'infraction commise.

En juin 2007, B. était célibataire, sans enfant, et n'avait personne à charge. Il était salarié et touchait CHF 5'800.-- net par mois, treize fois l'an. Il n'avait ni fortune, ni dette, ni charge particulière.

Selon sa situation personnelle et financière telle qu'actualisée au 19 mai 2008, l'accusé n'a toujours aucune obligation d'entretien. Il gagne désormais CHF 6'232.-- net par mois et n'a toujours ni fortune, ni dette.

Le montant par jour est ainsi maintenu à CHF 100.--, la situation personnelle et financière de l'accusé n'ayant pas subi de réelle modification.

L'octroi du sursis et la fixation du délai d'épreuve à deux ans sont également maintenus, selon les considérations du premier juge, puisque le prononcé d'une peine ferme ne paraît pas nécessaire pour détourner B. de la commission d'autres crimes ou délits.

6. Concernant les frais de procédure, ceux-ci comprennent les émoluments et débours exposés pendant la procédure de recherches, l'instruction préparatoire, la rédaction de l'acte d'accusation et les débats (art. 172 al. 1 PPF).

Leur quotité est déterminée par les dispositions de l'ordonnance sur les frais de la procédure pénale fédérale (ordonnance sur les frais; RS 312.025), du règlement sur les dépens et indemnités alloués devant le Tribunal pénal fédéral ( RS 173.710.31) et du règlement sur les émoluments judiciaires perçus par le Tribunal pénal fédéral ( RS 173.710.32).

Les frais sont en principe à la charge du condamné, la cour pouvant, pour des motifs spéciaux, les remettre totalement ou partiellement (art. 172 al. 1 PPF). Une telle remise est notamment possible lorsque le condamné est indigent ou s'il existe une disproportion évidente entre le montant des frais et la culpabilité du condamné. En cas d'acquittement partiel, le condamné peut aussi être dispensé du paiement des frais liés à des actes de l'enquête spécifiquement exécutés pour établir des faits relatifs aux infractions pour lesquelles l'acquittement est prononcé (TPF SK.2004.13 du 6 juin 2005, consid. 12.1). S'il y a plusieurs condamnés, la cour décide s'ils répondent solidairement ou non de ces frais (art. 172 al. 1 et 2 PPF). En cas d'acquittement complet, les frais sont à la charge de la Confédération.

A teneur de l'art. 3 de l'ordonnance sur les frais, les émoluments doivent être fixés en fonction de l'importance de l'affaire, des intérêts financiers en jeu, du temps et du travail requis.

La répartition des frais, dépens et émoluments dans la poursuite pénale est réglée par les art. 172 PPF et, pour le surplus, par les art. 62 à 68 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral ( LTF ; RS 173.110), applicable par renvoi de l'art. 245 al. 1 PPF . Le montant des frais judiciaires est de CHF 200.-- au moins et de CHF 250'000.-- au plus. Si des motifs particuliers le justifient, le Tribunal pénal fédéral peut doubler ces montants (art. 245 al. 2 PPF ).

B. a été condamné en première instance à participer à hauteur de CHF 7'500.-- aux frais de la cause qui s'élevaient à CHF 57'275.10 (émoluments et débours). Cette part a été fixée par le premier juge en tenant compte de l'acquittement partiel dont avait déjà bénéficié l'accusé pour la transmission d'un fichier dont il était accusé mais pour laquelle le premier juge a conclu qu'il ne constituait pas un secret protégé, et de la « disproportion entre la prise en charge complète de ces frais et le degré de culpabilité de l'accusé ».

En l'espèce, vu l'acquittement concernant la transmission du fichier D., il y a lieu de diminuer encore ce montant forfaitaire en conséquence, notamment en raison du fait que, selon le premier rapport de police fédérale du 17 mai 2004 (05 00 0032), l'enquête avait, à cette moment-là déjà, révélé l'infraction de transmission du fichier C. et l'accusé reconnu le fait. Les actes d'instruction qui ont suivi n'ont pas amené d'élément nouveau, susceptible d'influer sur la peine à prononcer pour cette seule infraction .

Le montant des frais mis à la charge de B. doit ainsi être arrêté CHF 3'500.--.

7. A teneur de l'art. 122 al. 1 PPF, applicable par renvoi de l'art. 176 PPF , en cas d'acquittement, une indemnité est attribuée sur demande à l'accusé mis au bénéfice d'un acquittement.

B. a conclu à ce qu'une indemnité à hauteur de CHF 25'000.-- lui soit attribuée, au titre de participation au dommage procédural sous forme des honoraires dus à son mandataire, ainsi qu'une indemnité pour tort moral à raison de CHF 3'000.--.

Le Tribunal pénal fédéral a eu l'occasion de juger qu'une indemnité était également possible en cas d'acquittement partiel, par exemple dans les cas où le condamné a subi une détention préventive d'une durée excédant notablement la durée de la peine finalement infligée (TPF SK.2006.15 du 28 février 2007, consid. 31.1).

En l'espèce, B. est partiellement acquitté en la cause. Il y a donc lieu d'examiner la question de l'octroi d'une indemnité. Si la partie de la procédure ayant conduit à l'acquittement partiel du recourant ne lui a pas occasionné de dommage ou de tort moral susceptible d'être réparé, elle a par contre engendré pour lui des frais de défense. Il convient donc de l'indemniser à ce titre, à hauteur des dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure. La Cour estime qu'une indemnité d'un montant de CHF 3'000.-- doit lui être octroyée.

8. L'arrêt du 12 juin 2007, en ce qui concerne B., ayant été annulé, la partie du dispositif le concernant, soit le chiffre III., est reprise et modifiée, au vu des considérants qui précèdent.

9. Le présent arrêt est notifié, pour la bonne forme, à toutes les parties à la procédure. Néanmoins, il est précisé que la voie du recours en matière en pénale au Tribunal fédéral est ouverte aux seuls accusé et MPC.

Par ces motifs, la Cour:

III. En ce qui concerne B.:

1. Le déclare coupable de violation du secret de fabrication ou du secret commercial (art. 162 CP ) pour la transmission du fichier C.

2. L'acquitte pour la transmission du fichier D.